Theodosius verbiedt gemengde huwelijken (388) en vervolgens joodse burgerlijke rechtbanken; synagogen die in brand werden gestoken worden niet meer op kosten van de daders herbouwd

Theodosius stelde het huwelijk tussen een Jood en een christelijke vrouw gelijk aan het misdrijf van overspel, en beperkte vervolgens de bevoegdheid van de joodse rechtbanken tot uitsluitend religieuze aangelegenheden, terwijl civiele geschillen voortaan onder de gewone rechter van het Romeinse Rijk vielen.

Datzelfde jaar werd de synagoge van Callinicum, aan de Eufraat, in brand gestoken op aanstichting van de plaatselijke bisschop. Theodosius beval aanvankelijk dat zij herbouwd zou worden op kosten van de schuldigen; Ambrosius van Milaan schreef hem dat een christelijk keizer geen joodse eredienst kon laten herrijzen en weigerde de eucharistie totdat hij zwichtte. De keizer zwichtte, en het precedent gold voor de eeuwen die volgden.