Al-Hakim beveelt Joden een houten blok om de nek te dragen en christenen zware kruisen; synagogen geslecht en bezittingen in beslag genomen

De maatregelen van al-Hakim bleven niet beperkt tot gebouwen. De kalief legde de Joden van Caïro en zijn rijk op een houten blok om de nek te dragen, en de christenen een zwaar kruis, opdat men hen op straat en in de baden zou herkennen; hij verbood hun edele rijdieren, wijn en bepaalde bestuursfuncties.

Synagogen werden met de grond gelijkgemaakt, bezittingen geconfisqueerd, bekeringen afgedwongen. De gemeenschap van Caïro, die destijds rabbanieten en karaïeten kende die naast elkaar leefden, werd zwaar beproefd: de correspondentie van de guéniza laat een vertrek richting Palestina en de Ifriqiya vermoeden.

Tegen het einde van zijn bewind herriep al-Hakim zijn edicten en stond hij de met geweld bekeerden toe terug te keren tot hun godsdienst — een ommekeer even abrupt als de vervolging zelf was geweest, en die de kroniekschrijvers, zowel Arabische als christelijke, toeschrijven aan de geestelijke ontregeling van de vorst. Hij verdween kort daarna in de heuvels van de Mokattam, zonder dat zijn lichaam ooit werd teruggevonden.