Théodose interdit les mariages mixtes (388) puis les tribunaux juifs en matière civile ; les synagogues incendiées ne sont plus reconstruites aux frais des coupables

Théodose assimila au crime d'adultère le mariage entre un Juif et une chrétienne, puis restreignit la compétence des tribunaux juifs aux seules affaires religieuses, les litiges civils relevant désormais du juge ordinaire de l'Empire romain.

La même année, la synagogue de Callinicum, sur l'Euphrate, fut incendiée à l'instigation de l'évêque local. Théodose ordonna d'abord qu'elle fût rebâtie aux frais des coupables ; Ambroise de Milan lui écrivit qu'un empereur chrétien ne pouvait faire relever un lieu de culte juif et refusa l'eucharistie jusqu'à ce qu'il cédât. L'empereur céda, et le précédent valut pour les siècles suivants.