אל-חאכם הורה לנשיאת גוש עץ בצווארם של יהודים וצלבים כבדים לנוצרים; בתי כנסת הרוסו והרכוש הוחרם

הצעדים של אל-חאכּים לא הוגבלו לבניינים. הח'ליף הטיל על יהודי קהיר ואימפריאתו לשאת על צווארם קורת עץ, ועל הנוצרים צלב כבד, כדי שיוּכּרו ברחוב ובמרחצאות; הוא אסר עליהם רכיבה על סוסים אצילים, שתיית יין, ואחיזת תפקידים מינהליים מסוימים.

בתי כנסת נהרסו, רכוש הוחרם, והמרות נכפו בכפייה. הקהילה בקהיר, שמנתה באותה עת רבנים וקראים החיים זה לצד זה, נפגעה קשות: התכתבות הגניזה מציצה אל פניהם של יציאות לעבר פלשתינה ואל עבר אפריקיה.

לקראת סוף שלטונו חזר בו אל-חאכּים מגזרותיו והתיר לאנוסים לשוב לדתם — היפוך חד כשם שחדה הייתה הרדיפה עצמה, שאותו מייחסים הכרוניקאים, הערבים כנוצרים, לשיבוש דעתו של השליט. זמן קצר לאחר מכן נעלם בגבעות המוקטם, ולא נמצאה גופתו.