L'œuvre pour laquelle la lignée Singer restera dans la mémoire d'Israël est la Jewish Encyclopedia. Isidore Singer en est le managing editor : à ce titre, il ne fut pas seulement l'organisateur du projet, mais son promoteur initial, son artisan principal et l'un de ses contributeurs actifs.
La négociation avec Funk & Wagnalls fut elle-même une épreuve révélatrice. Singer portait, dans son prospectus de 1897, une vision de l'encyclopédie qui ne se réduisait pas à la compilation savante : il y développait un idéal d'harmonie entre les religions et une vision critique des pratiques rituelles qui choqua une part de la communauté juive orthodoxe et alarma l'éditeur. Entre octobre 1898 et mars 1899, Funk & Wagnalls assembla un conseil de direction en imposant à Singer de tempérer sa rhétorique idéologique. C'est à cette condition que des savants comme le rabbin Gustav Gottheil et Cyrus Adler acceptèrent de rejoindre le projet. Adler — érudit, orientaliste et figure de l'establishment juif américain — prit la tête de ce conseil de direction, sous la présidence nominale d'Isaac K. Funk, éditeur-fondateur de la maison Funk & Wagnalls, qui apportait sa légitimité commerciale et éditoriale sans exercer de direction intellectuelle proprement dite. Singer demeura le managing editor effectif : entre le visionnaire fondateur et le conseil des savants, entre l'ambition du créateur et les exigences du monde savant organisé, cette tension est l'une des vérités de l'entreprise, et n'en diminue pas la portée.
L'ambition demeurait démesurée : rassembler, pour la première fois en langue anglaise, l'ensemble du savoir savant sur le judaïsme — histoire, textes, figures, communautés, coutumes, dogmes, loi et littérature — en un ouvrage accessible à tous les lecteurs d'expression anglaise, qu'ils fussent juifs ou non. Le titre définitivement retenu, The Jewish Encyclopedia: A Descriptive Record of the History, Religion, Literature, and Customs of the Jewish People from the Earliest Times to the Present Day, dit à la fois l'ambition universelle et l'ancrage dans la longue durée. Les éditeurs participant aux douze volumes comprenaient, outre Singer et Adler, Gotthard Deutsch, Richard Gottheil et plusieurs autres savants de premier plan mobilisés à l'échelle internationale. Frank H. Vizetelly, collaborateur de longue date de Funk & Wagnalls sur son Standard Dictionary, apporta son expertise linguistique et rédactionnelle à une entreprise qui dépassait le cadre strictement communautaire.
Pour parvenir à ses fins, Singer dut rassembler des fonds, convaincre un éditeur commercial d'un investissement sans précédent dans la culture juive américaine naissante, puis recruter plus de six cents collaborateurs capables de rédiger en anglais sur toutes les branches du savoir juif. Cet exercice de conviction, de diplomatie savante et de mobilisation communautaire fut à lui seul un acte d'implication dans la vie collective, au sens le plus plein que la tradition juive donne à cette vertu : la responsabilité de l'un envers tous, kol Israël arevim zeh bazeh.
L'œuvre finale comptait plus de quinze mille articles, illustrés d'un abondant appareil iconographique. Elle couvrait la biographie, la sociologie, l'histoire, l'anthropologie, la théologie, la littérature rabbinique, la halakha, la liturgie, la géographie des communautés dispersées et les grands mouvements intellectuels du judaïsme de l'Antiquité à l'aube du XXe siècle. Les douze volumes parurent entre 1901 et 1906 par Funk & Wagnalls — le premier volume dès 1901, le douzième et dernier en 1906. En 1906 également, Joseph Jacobs publia un Guide to Its Contents, an Aid to Its Use, instrument de navigation dans cette somme que la densité et la richesse de l'ensemble rendaient nécessaire.
Singer ne se contentait pas de diriger : il rédigeait. On lui doit notamment l'article consacré à la vieille communauté de Tlemcen, en Algérie, où se croisent la mémoire séfarade et l'érudition halakhique [Singer, éd., 1906], ainsi que l'article « Alnaqua », qui restitue l'héritage de cette dynastie de savants nord-africains [Singer, éd., 1906]. À travers ces notices, l'encyclopédie donnait droit de cité, dans le savoir universel, à des pans entiers du judaïsme méditerranéen que l'érudition allemande de la Wissenschaft des Judentums avait longtemps négligés — geste de justice intellectuelle envers la diversité d'Israël. En 1902, Singer fit paraître « Der Juden Kampf ums Recht », prolongeant dans la littérature de combat ce qu'il construisait simultanément dans l'encyclopédie. En 1904 il édita Russia at the Bar of the American People, mémorial des événements de Kichinev — le pogrom de 1903 — qui montrait que l'homme de l'encyclopédie demeurait aussi un homme du combat public.
La formation reçue dans l'orbite intellectuelle de Jellinek à Vienne et à la Hochschule de Berlin portait ici ses fruits les plus nets : Singer ne se contentait pas d'appliquer les méthodes critiques européennes au seul judaïsme ashkénaze et rabbinique — il les étendait à l'ensemble des mondes juifs, séfarade, oriental, méditerranéen, talmudique et mystique. La Wissenschaft des Judentums, née en Allemagne comme une science du judaïsme germanique, trouvait dans la Jewish Encyclopedia son expression universelle.
L'œuvre avait aussi une dimension apologétique assumée : dans le contexte des années 1900, marquées en Russie par les pogroms et en Europe occidentale par la persistance de l'antisémitisme racial, démontrer par l'évidence encyclopédique que le peuple juif avait produit une civilisation d'une richesse et d'une profondeur incomparables était en soi un acte de défense de la dignité humaine. Le projet visait à prouver, par l'accumulation du savoir, que les Juifs n'étaient en rien une race inférieure — réfutation par la science de la calomnie raciste.
Ici s'accomplit ce que la lignée aura le mieux incarné : l'apport à la pensée juive par l'organisation et la démocratisation du savoir. En rassemblant en douze volumes ce qui restait dispersé entre bibliothèques, langues et traditions, Singer prolongeait, avec les moyens de la modernité, le geste des grands compilateurs de la tradition — ceux qui, du Talmud aux codes médiévaux, avaient fait de la mise en ordre du savoir un acte de fidélité au peuple.
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