Al-Hakim elrendeli, hogy a zsidók nyakkendőt viseljenek, a keresztények pedig nehéz keresztet; a zsinagógák leromboljuk és a vagyon elkobzott

Al-Hakim intézkedései nem korlátozódtak az épületekre. A kalifa elrendelte, hogy a Kairó és birodalma területén élő zsidók fából készült tömböt viseljenek a nyakukban, a keresztények pedig nehéz keresztet, hogy az utcán és a fürdőkben felismerhessék őket; megtiltotta számukra a nemes hátasállatokat, a bort és bizonyos közigazgatási tisztségeket.

Zsinagógákat romboltak le, vagyonokat koboztak el, és kényszertérítéseket hajtottak végre. A kairói közösség, amelyben ekkor rabbanita és karaita zsidók éltek egymás mellett, súlyos megpróbáltatásokon ment keresztül: a guéniza levelezése elárulni látszik a Palesztinába és az Ifriqiya felé való elvándorlást.

Uralkodása vége felé al-Hakim visszavonta rendeleteit, és engedélyezte az erőszakkal áttérítetteknek, hogy visszatérjenek vallásukhoz — egy olyan fordulat, amely ugyanolyan hirtelen volt, mint maga az üldöztetés, és amelyet a krónikások, arabok és keresztények egyaránt, az uralkodó elmeháborodásának tulajdonítottak. Nem sokkal ezután eltűnt a Mokattam dombjain, és holttestét sohasem találták meg.