Theodosius betiltja a vegyes házasságokat (388), majd a polgári ügyekben a zsidó bíróságokat; az égetett zsinagógákat már nem építik újjá a felelősök költségén

Theodosius a zsidó és keresztény nő közötti házasságot a házasságtörés bűnéhez hasonlónak minősítette, majd a zsidó bíróságok hatáskörét kizárólag vallási ügyekre korlátozta; a polgári viták ettől fogva a Római Birodalom rendes bírói elé tartoztak.

Ugyanabban az évben az Eufrátesz partján fekvő Callinicum zsinagógáját a helyi püspök felbujtására felgyújtották. Theodosius először elrendelte, hogy azt a bűnösök költségén építsék újjá; Ambrosius Mediolanensis levelet írt neki, amelyben kijelentette, hogy egy keresztény császár nem kényszerítheti zsidó imaház újjáépítését, és megtagadta az eucharisztiát, amíg az császár nem engedett. A császár engedett, és ez a precedens az elkövetkező évszázadokra érvényes maradt.